기업연구소/전담부서 설립신고제도란< 일정요건을 갖춘 기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서를 신고케하여 각종 조세지원(관세지원 포함)·자금지원 및 병역특례 등의 혜택을 부여함으로써 기업의 기술개발을 적극적으로 촉진·유도하는 동시에 이들 연구조직을 효율적으로 육성·지원하기 위한 제도로서,    기술개발촉진법 제16조 동법 시행령 제27조 제1항의 규정에 의거하여 설립신고 인정업무는 1991년 2월부터 과학기술부로부터 이관받아 본회에서 수행하고 있습니다.

연구소·전담부서 설립신고는 기본적으로 先설립·後신고 체계이므로 이를 신고코자 하는 업체는 신고 전에 먼저 회사의 조직개편, 인사발령 및 연구시설(연구기자재 포함) 보완 등이 선행되어야 하며 요건을 보유한 상태에서 연구소 또는 전담부서를 위한 신고서류를 작성하고 상시비치서류를 비치한 후 본회에 신고해야 합니다.

연구소를 간단히 정의하면 [연구개발활동을 수행하는 조직]이라 할 수 있는 바, "연구개발활동"이라 함은 "과학기술분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 시제품의 설계·제작 및 시험 등 기업화 이전까지의 모든 과정 (과학기술부고시 제2000-1호 제2조 제1호 참조)"을 가리킵니다.  따라서, 연구개발활동과 직결되지 않는 조직은 설령 연구개발 관련부서라 칭한다 하더라도 동법에 의거한 기업연구소로 설립신고할 수 없습니다.

기업활동과 관련하여 국내에서 운영되고 있는 민간 연구조직(기관)은 크게 법인격을 취득한 연구소와 법인격을 취득하지 못한 연구소로 나눌 수 있음 전자, 즉 법인형태로 설립된 연구기관은 다시,

• 기술개발촉진법에 의해 설립된 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인(이를 간략히 "영리연구법인"이라 함),
  
• 산업기술연구조합육성법에 의 한 산업기술연구조합,
  
• 「공업 및 에너지기술기반조성에 관한 법률」에 의한 민간생산기술연구소 및
  
• 민법 제32조의 규정에 의한 비영리연구법인이 있는 반면에, 후자에는 기업의 일개부서 형태로 운영되고 있는 연구조직과 이른바 종합연구소(대기업의 그룹종합연구소가 여기에 속한다고 할 수 있음)가 있음
  후자중 일정요건을 구비하여 설립신고를 한 경우를 특히 기술개발촉진법은 기업부설연구소(이하 "기업연구소"로 약칭함) 또는 연구개발전담부서(이하 "전담부서"로 약칭함)라고 명명하고 있음
• 일반기업들도 법인격을 취득한 연구기관을 설립할 수도 있겠지만 이 경우 얻고자 하는 것에 비하여 많은 노력과 비용이 요구되고 있슴. 설령 만든다 하더라도 주무관청의 허가사항이므로 설립등기를 마치는 데도 어려움이 있슴. 따라서, 일반기업들은 기업부설연구소나 연구개발 전담부서를 설립하는 것이 무난함.

기술개발촉진법은 민간연구기관으로 설립신고할 수 있는 유형으로, 기업부설연구소, 연구개발전담부서 및 영리연구법인 등 3가지를 규정하고 있슴.
이중 영리연구법인은 그 설립대상도 기업의 사업내용이 "연구 및 개발업"으로 한정되어 있어 설립신고할 수 있는 업체도 협소할 뿐만 아니라 설령 인정받았다 하더라도 기업부설연구소와 같은 세제지원이나 병역특례 혜택도 받을 수 없슴. 이와 같이 영리연구법인은 지원제도의 미비로 인하여 현재 신고된 건수가 전혀 없는 실정임. 따라서, 일반 기업이 설립신고할 수 있는 민간연구기관은 기업부설연구소아 연구새발전담부서 등 2가지 형태가 있슴.

연구기관에 대한 각종의 기술개발 지원제도를 기업부설연구소는 조세·관세·자금지원 및 병역특례 등 모든 기술개발 지원제도의 혜택이 가능하여 다른 형태의 연구기관보다도 지원제도상 상당한 우위를 점하고 있음. 이는 기업부설연구소 설립신고 제도가 만들어진 지 근 20년이 다 되어가 다른 연구기관에 비하여 그 지원체계가 잘 구축되었기 때문임.  기업부설연구소보다 신고요건이 다소 완화된 연구개발전담부서는 조세 및 자금지원에서 일부 제한이 있고 병역특례는 신청할 수 없는 등 기업부설연구소에 비하여 상대적으로 열세이 있음.
또한, 비영리연구법인 또는 산업기술연구조합 등의 법인연구기관도 기업부설연구서에 비하면 약간은 열세이기는 하나 거의 대등한 혜택을 받고 있음. 하지만, 법인연구기관은 민간기업에서 출연하였다 하더라도 그 모기업으로부터 분리된 별개의 법인으로 간주되고 관선이사가 파견되는 등 독립성과 자율성을 크게 제한받을 뿐만 아니라, 궁극적으로 법인의 목적을 달성할 수 없게 되어 법인을 해산할 경우 잔여재산은 모두 국고에 귀속됨.
결론적으로, 민간기업은 기업부설연구소 형태로 설립신고하는 것을 적극 권장하며, 현재 연구소 신고요건이 안되면, 전담부서 형태로 신고하시고 후에 연구소 요건이 구비된다면 그때 연구소로 확대개편하시기 바람.